Doanh nghiệp chế xuất tại Việt Nam (Export Processing Enterprise, EPE) được thành lập theo Luật Đầu tư của Việt Nam, hoạt động trong khu chế xuất, khu công nghiệp hoặc khu kinh tế và thực hiện hoạt động gia công, sản xuất hàng xuất khẩu. Đổi lại việc được miễn, giảm thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (VAT), EPE phải đáp ứng điều kiện về cách ly vật lý và giám sát hải quan theo thời gian thực. Về bản chất, đây là một cơ chế quản lý kho ngoại quan và giám sát hải quan toàn diện. Khi gia nhập khung EPE, doanh nghiệp phải chấp nhận một mức độ hạn chế nhất định đối với quyền tự chủ vận hành, chẳng hạn hạn chế bán vào nội địa, kiểm soát hàng hóa ra vào và báo cáo dữ liệu theo thời gian thực, để tối ưu hóa chi phí thuế.
Đối với các doanh nghiệp sản xuất đang cân nhắc đầu tư vào Việt Nam, việc có nên xin tư cách EPE và làm thế nào để vận hành tuân thủ lâu dài cần được xem xét trong toàn bộ vòng đời dự án, từ đánh giá trước khi thành lập đến các rủi ro phát sinh khi thay đổi hoạt động sau này.
1. Bản chất của cơ chế giám sát hải quan đối với EPE
1.1 Định nghĩa pháp lý và các điều kiện cốt lõi của EPE
Tư cách pháp lý của EPE chủ yếu được xác lập bởi Luật Đầu tư và các văn bản hướng dẫn, chẳng hạn Nghị định số 35/2022/NĐ-CP, trong khi việc thành lập doanh nghiệp vẫn phải tuân thủ các quy định chung của Luật Doanh nghiệp. Khoản 21 Điều 2 Nghị định số 35/2022/NĐ-CP định nghĩa EPE là doanh nghiệp thực hiện hoạt động chế xuất trong khu chế xuất, khu công nghiệp hoặc khu kinh tế. Nghị định số 18/2021/NĐ-CP (sau đây gọi là Nghị định 18) bổ sung các điều kiện về kiểm tra và giám sát hải quan đối với EPE.
Theo khung pháp lý nêu trên, EPE phải đáp ứng các điều kiện bắt buộc sau:
| Điều kiện | Yêu cầu cụ thể |
|---|---|
| Hạn chế về địa điểm | Phải được thành lập và vận hành trong khu chế xuất, khu công nghiệp hoặc khu kinh tế |
| Định hướng xuất khẩu | Hoạt động chính là sản xuất để xuất khẩu. Nếu bán hàng cho doanh nghiệp trong nội địa Việt Nam, giao dịch phải được xử lý như giao dịch xuất nhập khẩu và thực hiện đầy đủ thủ tục hải quan, thuế |
| Cách ly vật lý | Phải được tách biệt với khu vực bên ngoài bằng hệ thống hàng rào và có lối ra vào độc lập |
| Giám sát hải quan theo thời gian thực | Lắp đặt camera giám sát 24 giờ và kết nối hệ thống giám sát với hệ thống trực tuyến của hải quan. Phạm vi giám sát bao gồm cổng ra vào, kho nguyên liệu, khu vực lưu giữ bán thành phẩm và thành phẩm, máy móc thiết bị và khu vực lưu giữ hàng hóa miễn thuế |
| Quản lý dữ liệu | Thiết lập hệ thống quản lý tồn kho, kế toán và dữ liệu xuất nhập khẩu phù hợp với yêu cầu giám sát hải quan; lưu trữ, cung cấp và khai báo dữ liệu liên quan theo quy định |
1.2 Logic quản lý: vì sao hải quan giám sát chặt EPE
Việc EPE được miễn, giảm thuế nhập khẩu và VAT về bản chất là cơ chế chưa thu thuế tại khâu nhập khẩu. Nhà nước không thu thuế tại thời điểm hàng hóa nhập khẩu với điều kiện các hàng hóa đó phải được sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu và sản phẩm cuối cùng phải rời khỏi lãnh thổ hải quan Việt Nam. Mối quan tâm cốt lõi của cơ quan hải quan là liệu nguyên liệu, thiết bị và linh kiện nhập khẩu miễn thuế có thực sự được đưa vào sản phẩm xuất khẩu hay bị sử dụng sai mục đích, bán vào nội địa hoặc thất thoát.
Do đó, logic quản lý đối với EPE không dừng lại ở việc được phê duyệt thành lập. Trọng tâm là khả năng truy xuất toàn trình và giám sát theo thời gian thực. Hải quan thực hiện mục tiêu này thông qua các biện pháp sau:
- Hàng rào vật lý kết hợp quản lý cổng ra vào nhằm bảo đảm đường đi của hàng hóa là duy nhất và có thể ghi nhận;
- Giám sát video 24 giờ kết hợp kết nối dữ liệu trực tuyến, cho phép hải quan theo dõi từ xa tình trạng hoạt động của nhà máy bất cứ lúc nào;
- Hệ thống quản lý dữ liệu ghi nhận theo thời gian thực và báo cáo quyết toán định kỳ, trong đó từng lô nguyên liệu nhập khẩu miễn thuế phải được gắn với sản phẩm xuất khẩu tương ứng;
- Kiểm tra định kỳ và đột xuất, theo đó hải quan có quyền vào địa điểm sản xuất, kinh doanh của EPE để kiểm tra sổ sách, chứng từ và hàng hóa.
Điểm mù mà nhiều doanh nghiệp dễ bỏ qua là họ xem EPE như một ưu đãi thuế cần xin, thay vì một cơ chế tiếp nhận vào hệ thống giám sát. Trên thực tế, quá trình xin tư cách EPE đồng thời là một cam kết: doanh nghiệp phải nộp cho cơ quan đăng ký đầu tư văn bản cam kết đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan. Điều này có nghĩa là ngay tại thời điểm nộp hồ sơ, doanh nghiệp đã cam kết chấp nhận toàn bộ cơ chế giám sát nêu trên. Nếu trong quá trình vận hành doanh nghiệp không thực hiện đúng các cam kết này, chẳng hạn hệ thống camera không hoạt động bình thường, dữ liệu tồn kho không được cập nhật kịp thời hoặc hàng rào bị hư hỏng nhưng không được sửa chữa, doanh nghiệp có thể bị tạm dừng áp dụng chính sách miễn thuế, không còn được hưởng chính sách thuế dành cho khu phi thuế quan và phải nộp bổ sung thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt. Theo Nghị định 18, EPE có thể nhiều lần hoàn thiện điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trong thời hạn tối đa không quá 1 năm; nếu quá thời hạn này vẫn chưa đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp sẽ không được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan và phải nộp toàn bộ số thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt đối với hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế.
2. Doanh nghiệp sản xuất nào phù hợp với mô hình EPE
2.1 Khung đánh giá mức độ phù hợp theo ba chiều
Trước khi quyết định xin tư cách EPE, doanh nghiệp nên tự đánh giá theo ba chiều sau:
Chiều thứ nhất: tỷ lệ xuất khẩu
EPE được thiết kế xoay quanh hoạt động sản xuất để xuất khẩu. Nếu doanh nghiệp dự kiến bán một tỷ lệ đáng kể sản phẩm vào thị trường nội địa Việt Nam, mô hình EPE sẽ có độ phức tạp vận hành cao hơn, vì phần bán nội địa phải được xử lý theo thủ tục hải quan và thuế như giao dịch xuất nhập khẩu.
Chiều thứ hai: mức độ phụ thuộc vào nguyên liệu nhập khẩu
Giá trị lớn nhất của EPE nằm ở việc miễn, giảm thuế nhập khẩu và VAT tại khâu nhập khẩu. Nếu doanh nghiệp có thể mua phần lớn nguyên liệu chính tại Việt Nam với giá cạnh tranh, chi phí thể chế của mô hình EPE, bao gồm hàng rào, camera giám sát, hệ thống quản lý dữ liệu và nhân sự tuân thủ, có thể vượt quá lợi ích thuế mang lại.
Chiều thứ ba: mô hình chuỗi cung ứng và logistics
Hàng hóa ra vào EPE chịu sự giám sát chặt chẽ của hải quan. Nếu chuỗi cung ứng của doanh nghiệp có nhiều giao dịch luân chuyển trong nội địa, chẳng hạn mua từ nhà cung cấp không phải EPE hoặc đưa bán thành phẩm sang nhà máy nội địa khác gia công rồi đưa trở lại, mô hình EPE sẽ phát sinh quy trình khai báo trung chuyển phức tạp và chi phí tuân thủ cao hơn.
2.2 Các vấn đề cần đánh giá trước khi thành lập
Trước khi chính thức khởi động thủ tục thành lập EPE, doanh nghiệp nên hoàn thành các đánh giá tiền đề sau:
(1) Tính khả thi của địa điểm
EPE phải được thành lập trong khu chế xuất, khu công nghiệp hoặc khu kinh tế. Doanh nghiệp trước hết cần xác nhận khu công nghiệp dự kiến lựa chọn có cho phép thành lập EPE hay không, đồng thời đánh giá liệu nhà xưởng cụ thể có đủ nền tảng hạ tầng và quản lý để đáp ứng điều kiện giám sát hải quan hay không, chẳng hạn hàng rào, cổng kiểm soát và kết nối mạng.
(2) Đánh giá hình thức đầu tư
Thủ tục thành lập EPE phụ thuộc vào loại hình dự án đầu tư. Nếu việc thành lập EPE được thực hiện đồng thời với hồ sơ xin Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC), nhà đầu tư cần nộp văn bản cam kết đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan cùng với bộ hồ sơ xin IRC. Nếu việc thành lập EPE không được thực hiện đồng thời với hồ sơ IRC, nhà đầu tư phải nộp hồ sơ riêng cho cơ quan đăng ký đầu tư nơi EPE đặt trụ sở.
(3) Sắp xếp cơ cấu tập đoàn
Chủ thể thành lập EPE, cơ cấu góp vốn, cũng như quan hệ pháp lý giữa công ty mẹ và EPE cần được xác định rõ trước khi thành lập (xem Phần 4 “Cơ cấu chủ thể và phân bổ trách nhiệm”).
3. Các bẫy tuân thủ chính trong quá trình vận hành EPE
3.1 Rủi ro thứ nhất: thời hạn khai báo khi bán vào nội địa và xuất nhập khẩu tại chỗ
EPE có định hướng cốt lõi là sản xuất để xuất khẩu. Tuy nhiên, nếu EPE bán sản phẩm cho doanh nghiệp không phải EPE trong nội địa Việt Nam, giao dịch đó được xem là giao dịch nhập khẩu và bên mua phải hoàn tất tờ khai nhập khẩu, đồng thời nộp thuế nhập khẩu và VAT.
Điểm thay đổi quan trọng của Thông tư số 121/2025/TT-BTC (sau đây gọi là Thông tư 121): Thông tư này có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2026 và sửa đổi nhiều điều khoản của Thông tư số 38/2015/TT-BTC và Thông tư số 39/2018/TT-BTC. Theo quy định mới, hoạt động mua bán, thuê hoặc mượn hàng hóa giữa EPE và doanh nghiệp nội địa không còn được hưởng cơ chế miễn thủ tục hải quan theo quyết định tùy nghi. Sau khi EPE nộp tờ khai xuất khẩu, tờ khai nhập khẩu tương ứng phải được đăng ký trong vòng 15 ngày.
Tình huống rủi ro điển hình: EPE do sản xuất dư thừa hoặc bị hủy đơn hàng nên bán một phần thành phẩm cho khách hàng tại Việt Nam nhưng không hoàn tất thủ tục nhập khẩu trong vòng 15 ngày. Hệ quả có thể là tờ khai bị hủy và hàng hóa không thể nhập vào nội địa một cách hợp pháp.
3.2 Rủi ro thứ hai: hệ thống giám sát và quản lý dữ liệu không tuân thủ
Theo Nghị định 18, hệ thống giám sát của EPE phải đáp ứng các thông số kỹ thuật nhất định và được kết nối trực tuyến với hệ thống hải quan. Dữ liệu giám sát phải được lưu giữ ít nhất 12 tháng.
Tình huống rủi ro điển hình:
- Doanh nghiệp đã lắp đặt camera nhưng chưa kết nối với hệ thống hải quan, hoặc kết nối bị gián đoạn nhưng không được khôi phục kịp thời;
- Dữ liệu giám sát được lưu giữ chưa đủ 12 tháng;
- Số lượng nguyên liệu nhập khẩu ghi nhận trong hệ thống quản lý dữ liệu không khớp với tồn kho thực tế và doanh nghiệp không đưa ra được giải trình hợp lý.
Những tình huống này đều có thể dẫn đến việc hải quan tạm dừng tư cách nhập khẩu miễn thuế của EPE. Theo Nghị định 18, EPE chưa đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan phải nộp toàn bộ số thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt đối với hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế.
3.3 Rủi ro thứ ba: chênh lệch trong quyết toán gia công, sản xuất xuất khẩu
EPE phải định kỳ nộp cho hải quan báo cáo quyết toán về việc sử dụng nguyên liệu và xuất khẩu thành phẩm. Nếu có chênh lệch không thể giải trình hợp lý giữa số lượng nguyên liệu nhập khẩu và lượng nguyên liệu lẽ ra phải tiêu hao cho sản phẩm xuất khẩu, hải quan có thể xác định có dấu hiệu sử dụng sai mục đích hoặc thất thoát nguyên liệu.
Tình huống rủi ro điển hình: tỷ lệ hao hụt sản xuất của EPE vượt mức thông thường của ngành nhưng doanh nghiệp không cung cấp được giải trình và tài liệu chứng minh đầy đủ; hoặc doanh nghiệp sử dụng nguyên liệu nhập khẩu miễn thuế để sản xuất thử, làm mẫu cho sản phẩm không xuất khẩu mà không khai báo. Thông tư 121 tăng cường quản lý khâu kết thúc thủ tục hải quan, yêu cầu doanh nghiệp nộp giải trình khi phát hiện bất kỳ thiếu hụt, mất mát hoặc chênh lệch nào trong quá trình kết thúc hồ sơ.
3.4 Rủi ro thứ tư: thực hiện không đúng giao dịch gia công giữa EPE và doanh nghiệp nội địa
EPE có thể thuê EPE khác hoặc doanh nghiệp nội địa gia công, nhưng phải tuân thủ thủ tục hải quan cụ thể. Thông tư 121 đưa ra các quy định giám sát hải quan rõ hơn đối với giao dịch thuê gia công của EPE.
Tình huống rủi ro điển hình: EPE đưa nguyên liệu sang doanh nghiệp nội địa không phải EPE để gia công nhưng không thực hiện thủ tục hải quan tương ứng, khiến nguyên liệu rời khỏi phạm vi giám sát của hải quan. Đây sẽ bị xem là vi phạm tuân thủ nghiêm trọng.
3.5 Rủi ro thứ năm: tư cách EPE và ưu đãi thuế không đồng bộ
Theo quan điểm hướng dẫn trong các công văn của cơ quan thuế, chẳng hạn Công văn số 2728/CT-CS, EPE chỉ được bắt đầu áp dụng chính sách thuế dành cho khu phi thuế quan sau khi tư cách EPE được ghi nhận rõ trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC) hoặc Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (ERC).
Tình huống rủi ro điển hình: doanh nghiệp đã được phê duyệt tư cách EPE, nhưng IRC hoặc ERC chưa hoàn tất việc ghi nhận tư cách EPE, trong khi doanh nghiệp đã nhập khẩu thiết bị và nguyên liệu theo thuế suất dành cho EPE. Hải quan có thể xác định đây là việc hưởng ưu đãi thuế không đúng quy định, yêu cầu nộp bổ sung thuế và xử phạt.
4. Cơ cấu chủ thể và phân bổ trách nhiệm: công ty mẹ, pháp nhân tại Việt Nam và nhà cung cấp dịch vụ bên thứ ba
4.1 Ranh giới trách nhiệm của công ty mẹ trong hoặc ngoài nước
EPE là một pháp nhân độc lập theo pháp luật Việt Nam. Ranh giới trách nhiệm của công ty mẹ thể hiện ở các khía cạnh sau:
- Trách nhiệm góp vốn: công ty mẹ phải hoàn tất việc góp đủ vốn điều lệ đã đăng ký theo kế hoạch đầu tư.
- Trách nhiệm bảo đảm tuân thủ ở cấp nền tảng: hành vi vi phạm tuân thủ của EPE có thể ảnh hưởng đáng kể đến khả năng hoạt động liên tục của EPE, chẳng hạn bị thu hồi tư cách EPE hoặc đối mặt với khoản phạt lớn.
- Trách nhiệm cung cấp thông tin: hoạt động tuân thủ của EPE cần sự phối hợp của công ty mẹ trong sắp xếp chuỗi cung ứng, quản lý đơn hàng và hỗ trợ tài chính.
Cần lưu ý rằng công ty mẹ không thể hoàn toàn tách khỏi hoạt động tuân thủ của EPE chỉ vì EPE là pháp nhân độc lập. Khi kiểm tra hải quan, cơ quan hải quan có quyền yêu cầu công ty mẹ cung cấp sổ sách và chứng từ liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu của EPE.
4.2 Vai trò và trách nhiệm của pháp nhân tại Việt Nam
Nếu EPE là công ty con 100% vốn do công ty mẹ nước ngoài thành lập tại Việt Nam, trách nhiệm của pháp nhân tại Việt Nam bao gồm:
- Tuân thủ vận hành hằng ngày: bảo đảm hoạt động hằng ngày của EPE đáp ứng yêu cầu giám sát hải quan, bao gồm vận hành hệ thống camera, cập nhật dữ liệu và nộp báo cáo quyết toán.
- Trách nhiệm cá nhân của người đại diện theo pháp luật: người đại diện theo pháp luật của EPE phải chịu trách nhiệm cá nhân đối với hoạt động tuân thủ của doanh nghiệp. Trong trường hợp số tiền trốn thuế lớn, vượt quá 100 triệu VND, hành vi có thể vi phạm Điều 200 Bộ luật Hình sự và người phụ trách doanh nghiệp có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự.
4.3 Phân định trách nhiệm với nhà cung cấp dịch vụ bên thứ ba
EPE có thể ủy quyền cho đại lý làm thủ tục hải quan. Theo Thông tư 121, khi chủ hàng là thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam, đại lý hải quan phải chịu trách nhiệm lưu giữ hồ sơ hải quan.
Nguyên tắc then chốt: việc ủy quyền cho nhà cung cấp dịch vụ bên thứ ba không làm chuyển giao trách nhiệm tuân thủ cuối cùng của EPE. Đối tượng giám sát của hải quan là chính EPE, không phải nhà cung cấp dịch vụ. Một hiểu lầm thường gặp là “đã có đại lý thì doanh nghiệp không còn phải chịu trách nhiệm”. Cách hiểu này đặc biệt nguy hiểm trong khuôn khổ EPE, bởi trọng tâm giám sát của hải quan là cơ sở vật lý, dữ liệu tồn kho và luồng di chuyển hàng hóa của EPE; những yếu tố này không thể được đại lý tuân thủ thay doanh nghiệp.
5. Chi phí, thời gian và tác động kinh doanh: các chi phí tuân thủ tiềm ẩn của EPE
5.1 Chi phí thời gian và vốn trong giai đoạn thành lập
- Đầu tư phần cứng: xây dựng hàng rào, mua sắm và lắp đặt hệ thống camera giám sát đáp ứng thông số kỹ thuật hải quan, kết nối mạng với hệ thống hải quan.
- Đầu tư phần mềm: triển khai hệ thống quản lý dữ liệu phù hợp với yêu cầu giám sát hải quan và đào tạo nhân sự sử dụng hệ thống.
- Chi phí thời gian: thủ tục thành lập EPE có thể được thực hiện đồng thời hoặc tách riêng với hồ sơ IRC. EPE có thể hoàn thiện điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trong thời hạn tối đa không quá 1 năm. Tuy nhiên, trước đó doanh nghiệp cần hoàn tất kiểm tra thực tế nhà xưởng của cơ quan hải quan.
Theo Nghị định 18, sau khi EPE nhận văn bản xác nhận lần đầu, doanh nghiệp có thể nhiều lần hoàn thiện điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trong thời hạn không quá 1 năm. Sau khi nhận hồ sơ đề nghị của doanh nghiệp, cơ quan hải quan phải hoàn tất việc kiểm tra trong thời hạn tối đa 10 ngày làm việc.
5.2 Chi phí tuân thủ liên tục trong giai đoạn vận hành
- Chi phí nhân sự: cần bố trí nhân sự chuyên trách về hải quan, bao gồm cập nhật dữ liệu, lập báo cáo quyết toán và trao đổi với cơ quan hải quan.
- Chi phí bảo trì hệ thống: bảo trì và nâng cấp thường xuyên hệ thống camera giám sát và hệ thống quản lý dữ liệu.
- Chi phí ứng phó kiểm tra: các cuộc kiểm tra định kỳ và đột xuất của hải quan đòi hỏi doanh nghiệp dành thời gian và nhân sự phối hợp.
- Chi phí xử lý chênh lệch quyết toán: nếu phát sinh chênh lệch trong báo cáo quyết toán, doanh nghiệp cần đầu tư thêm nguồn lực để giải trình và bổ sung, điều chỉnh hồ sơ.
5.3 Tác động đến tài trợ vốn và mở rộng kinh doanh sau này
- Tác động đến tài trợ vốn: tài sản của EPE, đặc biệt là thiết bị nhập khẩu miễn thuế, có thể bị hạn chế xử lý trước khi hết thời hạn giám sát hải quan, từ đó ảnh hưởng đến việc dùng thiết bị làm tài sản bảo đảm cho các khoản vay.
- Tác động đến mở rộng kinh doanh: nếu EPE có kế hoạch bổ sung dòng sản phẩm hoặc mở rộng công suất, thiết bị và nguyên liệu nhập khẩu mới vẫn phải được vận hành trong khuôn khổ EPE. Điều này thường không tạo trở ngại đáng kể, nhưng doanh nghiệp cần cập nhật IRC và hồ sơ đăng ký với hải quan.
- Tác động đến việc thoái vốn hoặc chuyển nhượng: việc chuyển nhượng hoặc giải thể EPE liên quan đến thanh lý hàng hóa chịu giám sát hải quan; quy trình tương đối phức tạp và cần được đánh giá đầy đủ trước khi ra quyết định.
6. Khuyến nghị chuẩn bị tuân thủ: các sắp xếp then chốt trước khi thành lập, ký hợp đồng và đưa vào sản xuất
6.1 Chuẩn bị tuân thủ trước khi thành lập
- Thẩm định địa điểm: xác nhận khu công nghiệp dự kiến có cho phép thành lập EPE hay không và nhà xưởng cụ thể có đủ hạ tầng, nền tảng quản lý để đáp ứng yêu cầu giám sát hải quan hay không.
- Xác nhận hình thức đầu tư: làm rõ việc thành lập EPE sẽ được thực hiện đồng thời với hồ sơ IRC hay theo một thủ tục riêng.
- Chuẩn bị văn bản cam kết: chuẩn bị trước văn bản cam kết đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan, bảo đảm nội dung đầy đủ và việc ký kết đúng quy cách.
- Thẩm định sơ bộ phương án camera và hệ thống quản lý dữ liệu: trước khi mua sắm và triển khai, doanh nghiệp nên trao đổi trước với hải quan địa phương để xác nhận phương án kỹ thuật có đáp ứng yêu cầu hay không.
6.2 Sắp xếp tuân thủ trước khi ký hợp đồng
- Xác nhận việc ghi nhận tư cách EPE: chỉ bắt đầu hưởng ưu đãi thuế sau khi xác nhận tư cách EPE đã được ghi trên IRC hoặc ERC, có tham chiếu đến quan điểm hướng dẫn trong các công văn của cơ quan thuế như Công văn số 2728/CT-CS.
- Rà soát tuân thủ hải quan đối với hợp đồng chuỗi cung ứng: hợp đồng mua hàng với nhà cung cấp nước ngoài và hợp đồng thuê gia công với doanh nghiệp nội địa cần có điều khoản hỗ trợ yêu cầu quyết toán và kiểm tra hải quan.
- Lựa chọn nhà cung cấp dịch vụ và phân định trách nhiệm: nếu ủy quyền cho đại lý hải quan hoặc nhà cung cấp dịch vụ logistics, hợp đồng cần quy định rõ nghĩa vụ phối hợp và trách nhiệm cung cấp thông tin của các bên đối với các vấn đề tuân thủ hải quan.
6.3 Nghiệm thu tuân thủ trước khi đưa vào sản xuất
- Kiểm tra nhà xưởng bởi hải quan: trước khi chính thức đưa vào sản xuất, doanh nghiệp cần hoàn tất việc kiểm tra nhà xưởng của cơ quan hải quan, xác nhận hệ thống camera, hàng rào, hệ thống quản lý dữ liệu và các điều kiện khác đã sẵn sàng. Theo Nghị định 18, EPE phải hoàn thiện điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trong thời hạn tối đa 1 năm.
- Đào tạo nhân sự: bảo đảm nhân viên phụ trách hải quan nắm vững cách vận hành hệ thống dữ liệu, lập báo cáo quyết toán và ứng phó với quy trình kiểm tra.
- Chạy thử và hiệu chỉnh: trước khi nhập khẩu nguyên liệu với khối lượng lớn, doanh nghiệp nên thực hiện chạy thử ở quy mô nhỏ để bảo đảm toàn bộ hệ thống hoạt động ổn định và dữ liệu được truyền tải thông suốt.
7. Vanzbon hỗ trợ doanh nghiệp thành lập và vận hành EPE tuân thủ tại Việt Nam như thế nào
- Cung cấp đánh giá mức độ phù hợp và phân tích khả thi của mô hình EPE, giúp doanh nghiệp xác định liệu có phù hợp để xin tư cách EPE hay không;
- Hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ xin EPE, bao gồm văn bản cam kết đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan và hồ sơ đăng ký đầu tư;
- Rà soát và tối ưu phương án thành lập EPE, bao gồm đánh giá địa điểm, xác định hình thức đầu tư và lập kế hoạch thời gian;
- Điều phối thiết kế phương án hệ thống giám sát và làm việc với hải quan, bảo đảm hạ tầng phần cứng đáp ứng Nghị định 18 và các thông số kỹ thuật hải quan;
- Hỗ trợ hoàn tất kiểm tra nhà xưởng của hải quan và ghi nhận tư cách EPE, bảo đảm doanh nghiệp được ghi nhận tư cách EPE trên IRC/ERC;
- Cung cấp hỗ trợ tuân thủ liên tục trong giai đoạn vận hành, bao gồm quản lý hệ thống dữ liệu, lập báo cáo quyết toán và hướng dẫn ứng phó kiểm tra.
8. Câu hỏi thường gặp (FAQ)
Không tuyệt đối như vậy. EPE có định hướng cốt lõi là sản xuất để xuất khẩu. Tuy nhiên, nếu EPE bán sản phẩm cho doanh nghiệp không phải EPE trong nội địa Việt Nam, giao dịch đó được xem là giao dịch nhập khẩu; bên mua phải hoàn tất tờ khai nhập khẩu và nộp thuế nhập khẩu, VAT. Theo Thông tư 121, sau khi EPE nộp tờ khai xuất khẩu, tờ khai nhập khẩu tương ứng phải được đăng ký trong vòng 15 ngày.
Nếu việc thành lập EPE được thực hiện đồng thời với hồ sơ IRC, văn bản cam kết sẽ được nộp cùng bộ hồ sơ xin IRC. Nếu không đồng thời, cơ quan đăng ký đầu tư sẽ cấp Giấy chứng nhận đăng ký EPE trong vòng 3 ngày làm việc sau khi nhận đủ hồ sơ. Tuy nhiên, trước đó doanh nghiệp vẫn cần hoàn tất kiểm tra nhà xưởng của hải quan; thời gian của giai đoạn này phụ thuộc vào tiến độ chuẩn bị hạ tầng của doanh nghiệp. EPE có thể hoàn thiện điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trong thời hạn tối đa không quá 1 năm.
Hệ thống giám sát của EPE phải hoạt động 24 giờ và kết nối trực tuyến với hệ thống hải quan. Nếu phát sinh sự cố nhưng không được khắc phục kịp thời, hải quan có thể tạm dừng tư cách nhập khẩu miễn thuế của EPE. Theo Nghị định 18, EPE chưa đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan phải nộp toàn bộ số thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt đối với hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế. Doanh nghiệp nên thiết lập cơ chế kiểm tra định kỳ và sửa chữa khẩn cấp cho hệ thống giám sát.
Có. EPE không áp dụng hạn chế về tỷ lệ sở hữu vốn nước ngoài; nhà đầu tư nước ngoài có thể sở hữu 100% vốn. Thủ tục thành lập tuân theo Luật Đầu tư và Luật Doanh nghiệp, và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài áp dụng cùng điều kiện thành lập EPE như doanh nghiệp trong nước.
Không. Theo quan điểm hướng dẫn trong các công văn của cơ quan thuế, chẳng hạn Công văn số 2728/CT-CS, EPE chỉ được bắt đầu áp dụng chính sách thuế của khu phi thuế quan sau khi tư cách EPE được ghi nhận rõ trên IRC hoặc ERC. Trước khi áp dụng ưu đãi, doanh nghiệp nên xác nhận chứng nhận đã hoàn tất việc ghi nhận tư cách EPE.
Không. Việc ủy quyền cho nhà cung cấp dịch vụ bên thứ ba không làm thay đổi trách nhiệm cuối cùng của EPE với tư cách là đối tượng chịu giám sát hải quan. Theo Thông tư 121, khi chủ hàng là thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam, đại lý hải quan có trách nhiệm lưu giữ hồ sơ hải quan; tuy nhiên, các vấn đề tuân thủ cốt lõi như cơ sở vật lý, dữ liệu tồn kho và luồng di chuyển hàng hóa vẫn thuộc trách nhiệm của chính EPE.
Có. Việc giải thể EPE liên quan đến thanh lý hàng hóa chịu giám sát hải quan. Toàn bộ nguyên liệu và thiết bị nhập khẩu miễn thuế cần được xử lý quyết toán. Quy trình tương đối phức tạp; doanh nghiệp nên tham vấn chuyên gia trước khi quyết định giải thể và dự trù đủ thời gian, nguồn lực.
Cần đáp ứng điều kiện cụ thể. Theo Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, dịch vụ cung cấp cho EPE chỉ được áp dụng VAT 0% khi dịch vụ đó được cung cấp trực tiếp cho tổ chức nằm trong khu phi thuế quan và được tiêu dùng trong khu vực này, trực tiếp phục vụ hoạt động sản xuất xuất khẩu, đồng thời có đủ hợp đồng, chứng từ thanh toán, hóa đơn và các tài liệu liên quan. Không phải mọi dịch vụ cung cấp cho EPE đều tự động được áp dụng VAT 0%.
Không. Theo khoản 21 Điều 2 Nghị định số 35/2022/NĐ-CP, EPE phải là doanh nghiệp thực hiện hoạt động chế xuất trong khu chế xuất, khu công nghiệp hoặc khu kinh tế. EPE không thể được thành lập tại các khu vực nằm ngoài phạm vi này.
Có. EPE phải định kỳ nộp cho hải quan báo cáo quyết toán về việc sử dụng nguyên liệu và xuất khẩu thành phẩm. Thông tư 121 tăng cường quản lý khâu kết thúc thủ tục hải quan và yêu cầu doanh nghiệp nộp thông tin chi tiết hơn về phân loại hàng hóa và dòng lưu chuyển hàng hóa. Đối với doanh nghiệp có năm tài chính kết thúc sau thời điểm Thông tư 121 có hiệu lực, báo cáo quyết toán phải được nộp cho cơ quan hải quan nơi đặt cơ sở sản xuất.
9. Điều kiện ra quyết định và mức đầu tư liên tục cho tuân thủ EPE
Cơ chế EPE tại Việt Nam mang lại lợi thế đáng kể về chi phí thuế cho doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu, nhưng lợi thế này chỉ có được khi doanh nghiệp chấp nhận toàn bộ cơ chế giám sát hải quan. Tuân thủ EPE không phải là một lần nộp hồ sơ, mà là một hệ thống vận hành liên tục: từ đánh giá địa điểm và đầu tư hạ tầng trước khi thành lập, đến quản lý tồn kho, báo cáo dữ liệu, ứng phó kiểm tra trong quá trình vận hành, rồi cập nhật hồ sơ khi thay đổi hoạt động kinh doanh. Khi quyết định có xin tư cách EPE hay không, doanh nghiệp không nên chỉ nhìn vào mức độ ưu đãi thuế, mà cần đánh giá liệu mình có năng lực tổ chức và mức sẵn sàng đầu tư nguồn lực để liên tục đáp ứng điều kiện giám sát hải quan hay không. Chỉ khi hiểu đầy đủ logic nội tại của cơ chế này, EPE mới có thể trở thành lợi thế cạnh tranh trong chiến lược toàn cầu hóa của doanh nghiệp, thay vì trở thành gánh nặng tuân thủ.
