Sau khi công ty được đăng ký, doanh nghiệp nên nhanh chóng xác nhận mã số thuế, chữ ký số, quyền sử dụng hóa đơn điện tử và kỳ kê khai. Ngay cả khi tạm thời chưa có doanh thu, doanh nghiệp vẫn cần xác định liệu có nghĩa vụ kê khai không phát sinh, thuế thu nhập cá nhân từ tiền lương, trạng thái hóa đơn, báo cáo năm hoặc các yêu cầu nộp hồ sơ khác hay không, để tránh rủi ro chậm nộp hoặc bị xử phạt do bỏ qua nghĩa vụ giai đoạn đầu.

Thuê ngoài kế toán tại Việt Nam phù hợp với doanh nghiệp mới vào Việt Nam, chưa xây dựng đội ngũ tài chính nội bộ, hoặc đã bắt đầu kinh doanh nhưng thiếu kinh nghiệm kê khai địa phương. Dịch vụ thuê ngoài có thể hỗ trợ xử lý sổ sách, kê khai, hóa đơn điện tử và tuân thủ hằng năm, nhưng doanh nghiệp vẫn cần giữ người phụ trách hồ sơ nội bộ để bảo đảm hợp đồng, hóa đơn, thanh toán và hồ sơ nghiệp vụ được cung cấp kịp thời.

Doanh nghiệp nên hoàn tất đánh giá thuế trước khi ký hợp đồng, xuất hóa đơn, thanh toán và phát sinh chi phí, bảo đảm hợp đồng, hóa đơn, sao kê ngân hàng, hồ sơ nghiệm thu và phê duyệt nội bộ khớp nhau. Đồng thời, nên đối chiếu VAT, FCT, thuế thu nhập cá nhân từ tiền lương và chứng từ chi phí theo tháng hoặc quý, không đợi đến quyết toán năm mới bổ sung hồ sơ tập trung.

Thông thường không nên đơn giản cho rằng “không có doanh thu thì không có việc phải kê khai”. Doanh nghiệp có cần nộp tờ khai không phát sinh hoặc hồ sơ khác hay không cần được xác định theo trạng thái đăng ký thuế, kỳ kê khai, quyền hóa đơn, tình hình nhân viên và yêu cầu thuế địa phương. Nên xác nhận nghĩa vụ kê khai cụ thể ngay sau khi đăng ký công ty, thay vì chờ đến khi có doanh thu mới xử lý.

Kê khai VAT thường cần hóa đơn bán ra, hóa đơn mua vào, hồ sơ nhập khẩu, chứng từ thanh toán, hợp đồng, chứng từ logistics và các tài liệu chứng minh liên quan đến hoạt động chịu thuế. Doanh nghiệp cần đặc biệt đối chiếu nội dung hóa đơn, hồ sơ thanh toán và mục đích kinh doanh có thống nhất hay không, nhằm tránh thiếu hồ sơ khi khấu trừ đầu vào hoặc hoàn thuế xuất khẩu.

Khi công ty Việt Nam thanh toán cho tổ chức hoặc cá nhân nước ngoài phí dịch vụ, phí kỹ thuật, phí cấp phép, phí quản lý, phí tư vấn, lãi vay hoặc dịch vụ liên quan đến thiết bị, doanh nghiệp nên đánh giá FCT trước khi ký hợp đồng. Cần xác nhận bản chất dịch vụ, đối tượng hợp đồng, đối tượng nhận thanh toán, điều khoản chịu thuế và liệu có phát sinh thu nhập có nguồn gốc tại Việt Nam hay không, để tránh phải bổ sung sắp xếp khấu trừ thuế sau khi đã thanh toán.

Hóa đơn điện tử lập sai, mô tả hạng mục không rõ hoặc không thống nhất với nội dung hợp đồng có thể ảnh hưởng đến khấu trừ của khách hàng, ghi nhận doanh thu của doanh nghiệp và khấu trừ chi phí. Khi phát hiện vấn đề, doanh nghiệp nên xử lý điều chỉnh hoặc thay thế kịp thời theo quy định về hóa đơn điện tử tại Việt Nam, đồng thời cập nhật hợp đồng, nghiệm thu và hồ sơ thanh toán để tránh sự không thống nhất trong kỳ kê khai sau.

Người phụ trách tài chính nội bộ nên chịu trách nhiệm thu thập hồ sơ nghiệp vụ, phê duyệt nội bộ, điều phối hợp đồng và thanh toán, cũng như trao đổi với bộ phận kinh doanh. Nhà cung cấp dịch vụ kế toán bên ngoài chịu trách nhiệm xử lý sổ sách, kê khai, đánh giá chính sách, cảnh báo rủi ro và hỗ trợ tuân thủ hằng năm. Phân công càng rõ ràng, doanh nghiệp càng giảm được tình trạng thiếu hồ sơ, chậm kê khai và không rõ trách nhiệm.